1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gcccacatttttgtgctggattcatgtgtacttctcttgatgttgcttgctgtcaccccctttaaaattctactataatcattttgcaaattttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAACCAGAGGAAGAGCAGTTACCAAAGAGAGCATAAGAGATTTCATTAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G42130.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAEST: gi|58016014|gb|CX702756.1|CX702756
genomic: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
EST: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAEST: gi|254328980|gb|GR833352.1|GR833352
genomic: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
EST: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAEST: gi|209708028|gb|BW662157.1|BW662157
genomic: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
EST: AGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAEST: gi|57574911|gb|CX547886.1|CX547886
genomic: AGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
EST: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAEST: gi|209721140|gb|BW665697.1|BW665697
genomic: GTGAAGACTTGAACCACTGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
EST: TGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACT GTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
genomic: TGCTGGGAGGTGCTTGCTGAACCAATTCAGACTgtaagtatat ... ttttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTA
cttgctgtcaccccctttaaaattctactataatcattttgcaaattttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAACCAGAGGAAGAGCAGTTACCAAAGAGAGCATAAGAGATTTCATTAAAG
ttttattc CT-rich tract
tttaaaattctactat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcccacatttttgtgctggattcatgtgtacttctcttgatgttgcttgctgtcaccccctttaaaattctactataatcattttgcaaattttattcagGTTATGCGAAGATATGGTGTTCCTGAGCCTTATGAGAAGTTAAAAGAACTAACCAGAGGAAGAGCAGTTACCAAAGAGAGCATAAGAGATTTCATTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
gcccaca
- - - - - - -tgctgga
- - - - - - - - - - - - tgtgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgca