1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaccgttgaaagttttttaattaggaaaagagtgatacaactttgttttaatgaaaaagagttcatctctcaagtttaatgagaagtatggcctatattaatccactagtcaatattcgcctgcacctctgtcttataatcagtctgaacaattttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G16860.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAG GGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATGEST: gi|192334195|gb|FK026576.1|FK026576
genomic: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAGgtaccgttga ... ttttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
EST: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAG GGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATGEST: gi|192323713|gb|FK016019.1|FK016019
genomic: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAGgtaccgttga ... ttttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
EST: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAG GGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
genomic: GCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAACTTCAAAGAAGgtaccgttga ... ttttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
agtcaatattcgcctgcacctctgtcttataatcagtctgaacaattttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
ttttattc CT-rich tract
tgaacaattttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccgttgaaagttttttaattaggaaaagagtgatacaactttgttttaatgaaaaagagttcatctctcaagtttaatgagaagtatggcctatattaatccactagtcaatattcgcctgcacctctgtcttataatcagtctgaacaattttattcagGGTTCTTGCTGCAGCTGCTAAGAAGTCGGGACAAAATAATGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT