1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatcttgcttttaagtatgtttgattctgctatttagaattcacatctgtgcaagaattaataatgaatttctgttgttgttagCCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCAGCTTGTTGAAATTATCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G01220.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATATCTGGTCAGCCGGTTGTGTACTTGGTGAACTATTGCTTGGCCAG CCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCGGCTTGTTGAAATTATCAAGEST: gi|207824407|gb|GD793767.1|GD793767
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EST: TTTTTATCTGGTCAGCCGGTTGTGTACTTGGTGAACTATTGCTTGGCCAT CCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCAGCTTGTTGAAATTATCAAGEST: gi|37994511|gb|CF806247.1|CF806247
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EST: TTGATATCTGGTCAGCCGGTTGTGTACTTGGTGAACTATTGCTTGGCCAG CCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCAGCTTGTTGAAATTATCAAGEST: gi|27425418|gb|CA936938.1|CA936938
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EST: TTGATATCTGGTCAGCCGGTTGTGTACTTGGTGAACTATTGCTTGGCCAG CCTCTATTCCCT
genomic: TTGATATCTGGTCAGCCGGTTGTGTACTTGGTGAACTATTGCTTGGCCAGgtatcttgct ... ttgttgttagCCTCTATTCCCT
ctatttagaattcacatctgtgcaagaattaataatgaatttctgttgttgttagCCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCAGCTTGTTGAAATTATCAAG
aattaat putative branch site (score: 3)
tttctgtt putative PPT
aagaattaataatgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatcttgcttttaagtatgtttgattctgctatttagaattcacatctgtgcaagaattaataatgaatttctgttgttgttagCCTCTATTCCCTGGTGAGAGTGGAGTAGATCAGCTTGTTGAAATTATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT