Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtatctatttggtttctggacccaactccagtcaacttatttagtctccaacaaagttttgttttgatggttgaagttctattggattgtaaaccccatattaaaaacggaattattgcataaattgttttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGTGTAAAAAATTGTCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G45380.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151400336|gb|EV270150.1|EV270150
EST:     GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTG                         GATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
genomic: GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTGgttagtatct ... ttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
EST: gi|193515329|gb|FK472891.1|FK472891
EST:     GAGGCTGTTGGCATGATGCTCGAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTG                         GATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
genomic: GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTGgttagtatct ... ttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
EST: gi|16282736|gb|BI945179.1|BI945179
EST:     GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTG                         GATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
genomic: GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTGgttagtatct ... ttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
EST: gi|151394579|gb|EV264450.1|EV264450
EST:     GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTG                         GATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT
genomic: GAGGCTGTTGGCATGATGCTCAAAATGGACATGCATTTTCTGCTTGTTTGgttagtatct ... ttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattgtaaaccccatattaaaaacggaattattgcataaattgttttgggtacagGATAATGGAGGGGTCAAATGCCAGTGTCCCACAGGGTTTAGAGGTGATGGTGTAAAAAATTGTCAAG
                                        ttgtttt  CT-rich tract
                          aattattgcataaatt  TA-rich tract