1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tgattatataatatttctttgagtgatttgagttgcattagttttacttcatttcattttccctatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACTTTGAAGGAAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G25940.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|208136336|gb|GD940136.1|GD940136
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|192309681|gb|FG999894.1|FG999894
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: GGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|208286744|gb|GE085318.1|GE085318
genomic: GGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|58014614|gb|CX701356.1|CX701356
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|192325446|gb|FK018387.1|FK018387
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|120494647|gb|EH222814.1|EH222814
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|18690708|gb|BM519556.1|BM519556
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|57575724|gb|CX548699.1|CX548699
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|8403449|gb|BE059083.1|BE059083
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|192316847|gb|FK010834.1|FK010834
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TTTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|19348090|gb|BM892622.1|BM892622
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|15204528|gb|BI427296.1|BI427296
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATEST: gi|151406778|gb|EV276593.1|EV276593
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGAT
EST: TCTGCTATGGGGAAGAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACEST: gi|24206299|gb|BU965552.1|BU965552
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGAC
EST: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG GTACACAGATGATATGGAGCTT
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCGAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTT
acttcatttcattttccctatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACTTTGAAGGAAGG
tccactt CT-rich tract
atttcatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgattatataatatttctttgagtgatttgagttgcattagttttacttcatttcattttccctatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACATCAATATTGACTTTGAAGGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA