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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcactatttgcctttgtcccaccacttaattttgtacttgcaaggcttgtcgatgctgaatttttcaatgttgtgctgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G20670.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193413584|gb|FK375733.1|FK375733
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254337504|gb|GR845181.1|GR845181
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCC-TTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|31560965|gb|CD486803.1|CD486803
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254318902|gb|GR828738.1|GR828738
EST:     GGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: GGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|5508981|gb|AI855539.1|AI855539
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254337503|gb|GR845180.1|GR845180
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|57575208|gb|CX548183.1|CX548183
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|24135564|gb|BU926074.1|BU926074
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|23731238|gb|BU763731.1|BU763731
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254343685|gb|GR857441.1|GR857441
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192311570|gb|FK003523.1|FK003523
EST:     CTGGTGCTGCCGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254341730|gb|GR852867.1|GR852867
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCA-CAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTTACGCGCTATGGGACAGGCTAATCCACAAGATAT-GCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTT-ACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAA-ATATTGCAG
EST: gi|37997193|gb|CF808782.1|CF808782
EST:     CAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|21888703|gb|BQ741916.1|BQ741916
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|207713398|gb|GD696767.1|GD696767
EST:     AGACTTTCTTCGCTAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAGTCCACAAATATTGCAG
genomic: AGACTTTCTTCGC-AACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|151395622|gb|EV265499.1|EV265499
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192311571|gb|FK003524.1|FK003524
EST:     GGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: GGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|7146671|gb|AW508593.1|AW508593
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254343686|gb|GR857442.1|GR857442
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|31305618|gb|CD390821.1|CD390821
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG                         TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAGgtattcacta ... tgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtacttgcaaggcttgtcgatgctgaatttttcaatgttgtgctgtgtttcagTTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
                           aatttttcaatgtt  TA-rich tract