1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaaatcatgttgcttggtttgacacagtagagactttttattcatctgaattagtgcttgtattttgtaaagtgattatgttgtccttgtttttaagtgaagttggttgtatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGGATGGAAGACAAGAAGAGCCTTGCTTCATCTGAAGAGCGTTCTGAGATAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G02850.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGCTATGGGATTTGACAACTGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAG GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGGEST: gi|23731182|gb|BU763701.1|BU763701
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAGgtaaatcatg ... tatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGG
EST: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAG GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGAEST: gi|192294017|gb|FG987186.1|FG987186
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAGgtaaatcatg ... tatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGG
EST: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAG GTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGGEST: gi|21677209|gb|BQ629560.1|BQ629560
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAGgtaaatcatg ... tatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGG
EST: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAG GTCTATGAAGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGG
genomic: CAGCTATGGGATTTGACAACAGCACTCGTTTATATCTTGCCTCTCATAAGgtaaatcatg ... tatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGG
ttgtaaagtgattatgttgtccttgtttttaagtgaagttggttgtatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGGATGGAAGACAAGAAGAGCCTTGCTTCATCTGAAGAGCGTTCTGAGATAA
tatttttc CT-rich tract
ttgtttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatcatgttgcttggtttgacacagtagagactttttattcatctgaattagtgcttgtattttgtaaagtgattatgttgtccttgtttttaagtgaagttggttgtatttttcagGTCTATGGTGGAGAGGCAAGGATTTCAACTTTGAGGGAATTATTTCCTCGGATGGAAGACAAGAAGAGCCTTGCTTCATCTGAAGAGCGTTCTGAGATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA