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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcattatctttctctgcatttacaccgaatttctaacatcatagatgcgttttaaatagacttttcaattttgttcatttgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G24850.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10254784|gb|BE822550.1|BE822550
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192320974|gb|FK013490.1|FK013490
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|192320975|gb|FK013491.1|FK013491
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTT-ACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAG-CTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|4395777|gb|AI494774.1|AI494774
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGA-GCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254324070|gb|GR840495.1|GR840495
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|19453172|gb|BM954582.1|BM954582
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|4396121|gb|AI495118.1|AI495118
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254331167|gb|GR843286.1|GR843286
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254324071|gb|GR840496.1|GR840496
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|254346641|gb|GR856363.1|GR856363
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|22525766|gb|BU084577.1|BU084577
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|21256745|gb|BQ453633.1|BQ453633
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
EST: gi|16995756|gb|BM085128.1|BM085128
EST:     CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAA                         TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
genomic: CTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTTTTACGCAACAGTCAACAAgtaatcatta ... tgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacatcatagatgcgttttaaatagacttttcaattttgttcatttgcatttcagTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG
 ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                       ttcattt  putative PPT
               ttttaaatagactttt  TA-rich tract