1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgcagtctcacgattacctttattagaaatgtgtcctattaactccttttctcttttattgttttttgtaatatattaaaataatcaaccagtcatttgttttcttatctgtgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTTTTGCACATGCGAGCAGCTGCTGCAGATTTCTGTGAAATAGTGGAGAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G38780.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTEST: gi|192332143|gb|FK026381.1|FK026381
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTEST: gi|298194140|gb|HO040788.1|HO040788
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTEST: gi|298166829|gb|HO010268.1|HO010268
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTEST: gi|120492279|gb|EH220446.1|EH220446
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTEST: gi|192323850|gb|FK015631.1|FK015631
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
EST: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAA GTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
genomic: GGATTGGACTATGACAGGCTTCATTTTTGCCCAGCAGAGATTCAAAAGAAgtatgcagtc ... tgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTT
tgtaatatattaaaataatcaaccagtcatttgttttcttatctgtgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTTTTGCACATGCGAGCAGCTGCTGCAGATTTCTGTGAAATAGTGGAGAAA
tatattaaaataatca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcagtctcacgattacctttattagaaatgtgtcctattaactccttttctcttttattgttttttgtaatatattaaaataatcaaccagtcatttgttttcttatctgtgaaatcaagGTATTTCGAGAAGCAATTTGAATTAGCATATATCACAAAACTGCCTATGTTTTTGCACATGCGAGCAGCTGCTGCAGATTTCTGTGAAATAGTGGAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA