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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatctttgaattttaacttttgtttaagttattctcatttgaaaaatattcattttatccccaatattaatcttgctccatttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGATTGAGGACAATCATAATTAAAGCCAAGACCTACGAATTTTACTCTTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G22590.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17022530|gb|BM093564.1|BM093564
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254333452|gb|GR848370.1|GR848370
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|16104822|gb|BI892562.1|BI892562
EST:     CAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: CAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254328519|gb|GR835484.1|GR835484
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254331012|gb|GR842277.1|GR842277
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254342920|gb|GR859082.1|GR859082
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254333453|gb|GR848371.1|GR848371
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|23064051|gb|BU578824.1|BU578824
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|51343346|gb|CO984079.1|CO984079
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254335316|gb|GR846813.1|GR846813
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254315924|gb|GR825733.1|GR825733
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254345614|gb|GR855950.1|GR855950
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254338181|gb|GR845537.1|GR845537
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254328520|gb|GR835485.1|GR835485
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
EST: gi|254340219|gb|GR858344.1|GR858344
EST:     TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGG                         ATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA
genomic: TTGCAATCCACAAACCAAAGAGATACAGCTTGTCTTGGTTCATTAACTGGgtatctttga ... tttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttgaaaaatattcattttatccccaatattaatcttgctccatttgttacagATCTGCATTGTGCTTGGCCTATGTTTAATGATTTTATCACCTATTGGAGGATTGAGGACAATCATAATTAAAGCCAAGACCTACGAATTTTACTCTTGAA
                             tattaat  putative branch site (score: 2)
                                        ctccattt  putative PPT
      aaaaatattcatttta  TA-rich tract