Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtatgctcatgatctctttcattttttaaaatttggccaaaaataatacattctttgaaaagtttatagttgattatttatatgttaaaactggcaattaacaatgaacttctgttgacaGCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGTTGGTGTTTATGCAATATACGGTCAATATCATGCTAACCCCAGTGCAGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G48860.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254324544|gb|GR833969.1|GR833969
EST:     CCCCTTCTGCCAAATATTTGCATCTTTTTTAACATGTTCTTATTTGCCCA                         GCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGT
genomic: CCCCTTCTGCCAAATATTTGCATCTTTTTTAACATGTTCTTATTTGCCCAggtatgctca ... tctgttgacaGCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGT
EST: gi|51345181|gb|CO985914.1|CO985914
EST:     CCCCTTCTGCCAAATATTTGCATCTTTTTTAACATGTTCTTATTTGCCCA                         GCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGT
genomic: CCCCTTCTGCCAAATATTTGCATCTTTTTTAACATGTTCTTATTTGCCCAggtatgctca ... tctgttgacaGCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagttgattatttatatgttaaaactggcaattaacaatgaacttctgttgacaGCTACATCATGAAGCATGGGTGAGATTTGTGATTCTTTGTGTTGTCATGGTTGGTGTTTATGCAATATACGGTCAATATCATGCTAACCCCAGTGCAGAA
                              aattaac  putative branch site (score: 2)
                                           cttctgtt  putative PPT
     tgattatttatatgtt  TA-rich tract