Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtagtcataagtatatttgcgacttagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacataacactttgttctttatatataattttttaaaacaattgtcttcatatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
ggtagtcataagtatatttgcgacttagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacataacactttgttctttatatataattttttaaaacaattgtcttcatatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT-
 |||   |||| ||| | |   | || |   ||   | | |||  |    |      | |     | || | || | |||   | | |  | |   |  | ||  |||  ||||  ||| |||||| | ||||| || ||||| |||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| 
-gta--tataattatttcttacaatt-gcacta--ctgacttgtgcctcattctctctgtgcttgagcattctgattttttggtttgaactct---actagtttcctttttatg--tagGTACCCTGTAATGACCCGTGCTTTGATGAAGGCAGGACGCCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATANNNTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|208254437|gb|GE054805.1|GE054805
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGTCTGGTCGTCCAATC
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGG-CTGGTCGTCCAATC
EST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|213596908|gb|DB964115.1|DB964115
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: TTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
EST: gi|193388645|gb|FK357534.1|FK357534
EST:     GTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATA                         GATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT
genomic: GTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAggtagtcata ... catatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataacactttgttctttatatataattttttaaaacaattgtcttcatatgaataGATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT
                                      ttgtcttc  CT-rich tract
           ttctttatatataatt  TA-rich tract