1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtaattataatgatagtagtggggtcttgatagtttcatttgcaactatttaataataatttctatccaagaaaagaaaataatggtcatgtctctgtagATGTATGAAACGGTGGAGAAAATGTTGCTGAATCCAGACAAGGCACTGAAGATGATGAAGCACATGGAAGAATCAACTATGACTACTGATGAACCAAAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G10700.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctatttaataataatttctatccaagaaaagaaaataatggtcatgtctctgtagATGTATGAAACGGTGGAGAAAATGTTGCTGAATCCAGACAAGGCACTGAAGATGATGAAGCACATGGAAGAATCAACTATGACTACTGATGAACCAAAGC
atttaat putative branch site (score: 4)
tgtctct putative PPT
taataataatttctat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattataatgatagtagtggggtcttgatagtttcatttgcaactatttaataataatttctatccaagaaaagaaaataatggtcatgtctctgtagATGTATGAAACGGTGGAGAAAATGTTGCTGAATCCAGACAAGGCACTGAAGATGATGAAGCACATGGAAGAATCAACTATGACTACTGATGAACCAAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - -gtagtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa