1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatatttgtttcacccatttttcactatttctttctcttgtcaggtctttgattctatctgctttgttgcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAGAGATATTCATGGGTGGAAAGAACACCATTGTTTTGCACAACACATGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G02210.4 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAG TATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAEST: gi|208071333|gb|GD872192.1|GD872192
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAGgtatatttgt ... gcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAG TATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAEST: gi|11688361|gb|BF596037.1|BF596037
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAGgtatatttgt ... gcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAG TATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAEST: gi|13788721|gb|BG651312.1|BG651312
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAGgtatatttgt ... gcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCAGACCATGTTGTTGTTATTAAG TATGTGCCTTACGTAGGGGACAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAEST: gi|13790045|gb|BG652636.1|BG652636
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAGgtatatttgt ... gcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAG TATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCCGACCATGTTGTTGTTATTAAGgtatatttgt ... gcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCA
actatttctttctcttgtcaggtctttgattctatctgctttgttgcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAGAGATATTCATGGGTGGAAAGAACACCATTGTTTTGCACAACACATGTG
ctttgat putative branch site (score: 5)
ttgccttt putative PPT
tttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatttgtttcacccatttttcactatttctttctcttgtcaggtctttgattctatctgctttgttgcctttgcagTATGTGCCTTACGTAGGGGATAGCAAGAGAGCCATGGATGAGTACACTTCAGAGATATTCATGGGTGGAAAGAACACCATTGTTTTGCACAACACATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC