Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatatacatactgtaaatgctgtggaaagaatgcctgtctaactgtgttttgcatgttgacacatgacaatcatgagaagggctatatgcaagctaaagttgattttggcaatgatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGGTTGAGTTATGCACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G13440.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G13440.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G179308_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtatatatacatactgtaaatgctgtggaaagaatgcctgtctaactgtgttttgcatgttgacacatgacaatcatgagaagggctatatgcaagctaaagttgattttggcaatgatgt-tttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGGTTGAGTTATGCACG
                                      | ||||  ||||||  |      | |   |   | |  | ||   |  |   ||  |  | |   ||| |  |   || |||| || ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||  | |||||| | ||||||
-------------------------------------gtatcta-ttgtgttcagtgaaaag-cttttcctagt--tcagcctgatttggtgtcatttta---tgactgcgtggatcatgtgttcagGACTTGGATGGAGTTACCCATGTGATATCTGGAGTGTTGGTTGTATTCTTGTTGAGCTTTGCACG

upper sequence: GLYMA17G13440.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
------------------------------------------gtatatata-catactgtaaatgctgtggaaagaatgcctgtctaactg--tgttttgcatgttgacacatgacaatcatgagaagggctatatgcaagctaaagttgattttggcaatgatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGGTTGAGTTATGCACG
                                          ||   |||    | ||   | |  |    |     || |    | || |  |  |||  |||   |   | |||||   ||   |  | |   |||  | | ||   | ||||    ||| |  | |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaa--gtggatatagttccttgct-gatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21256128|gb|BQ453016.1|BQ453016
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|12772886|gb|BG237813.1|BG237813
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATATTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|151400815|gb|EV270629.1|EV270629
EST:     GGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|23728320|gb|BU762211.1|BU762211
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|13481209|gb|BG510552.1|BG510552
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|193570988|gb|FK528565.1|FK528565
EST:     AATTACATTGTATCAACTCGTTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGC
genomic: AATTACATTGTATCAACTCGT-CATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGC
EST: gi|26058441|gb|CA801355.1|CA801355
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|193479143|gb|FK444614.1|FK444614
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|17518814|gb|BM187856.1|BM187856
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|208272783|gb|GE072267.1|GE072267
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|21602499|gb|BQ612830.1|BQ612830
EST:     GTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|208122536|gb|GD925384.1|GD925384
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|207790919|gb|GD760488.1|GD760488
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|19347043|gb|BM891931.1|BM891931
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|208339884|gb|GE139352.1|GE139352
EST:     TCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: TCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|151400202|gb|EV270016.1|EV270016
EST:     GAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|23728843|gb|BU762488.1|BU762488
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|18039009|gb|BM307303.1|BM307303
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|207758237|gb|GD730173.1|GD730173
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGT
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGT
EST: gi|10848324|gb|BF070835.1|BF070835
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|193560662|gb|FK519815.1|FK519815
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGT
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGT
EST: gi|51334885|gb|CO978751.1|CO978751
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|193348366|gb|FK314348.1|FK314348
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|208261810|gb|GE059577.1|GE059577
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
EST: gi|208119861|gb|GD919740.1|GD919740
EST:     GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG
genomic: GAATTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatatac ... gatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcatgagaagggctatatgcaagctaaagttgattttggcaatgatgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATCTGGAGTGTGGGATGTATCTTGGTTGAGTTATGCACG
                               ttgatttt  TA-rich tract