1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctgatttgttatattgagtgggaagctactttataacttgggcttggagttgcttgtcctaatctgaaccattaaatgcataattttctaattgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGAGTATCTTTGGAGAGCAAAGCAGCCGTATAATGTATCTGTTGCTGCTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G27220.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTG GTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGEST: gi|209706879|gb|BW653145.1|BW653145
genomic: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTGgtatgcttat ... attgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTG
EST: AGCAAAAGAGCTG GTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGEST: gi|254330365|gb|GR841630.1|GR841630
genomic: AGCAAAAGAGCTGgtatgcttat ... attgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTG
EST: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTG GTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGEST: gi|192299361|gb|FG990757.1|FG990757
genomic: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTGgtatgcttat ... attgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTG
EST: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTG GTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTG
genomic: GAAGAAACATGATAATTTGATTGTTCTTCGGACATTTAGCAAAAGAGCTGgtatgcttat ... attgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTG
ggagttgcttgtcctaatctgaaccattaaatgcataattttctaattgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGAGTATCTTTGGAGAGCAAAGCAGCCGTATAATGTATCTGTTGCTGCTGA
ttctaat putative branch site (score: 2)
ttgtctc CT-rich tract
attaaatgcataattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgatttgttatattgagtgggaagctactttataacttgggcttggagttgcttgtcctaatctgaaccattaaatgcataattttctaattgtctcagGTTTAGCTGGACTTCGAGTGGGATATGGAGCTTTTCCTTTGAGTATAATTGAGTATCTTTGGAGAGCAAAGCAGCCGTATAATGTATCTGTTGCTGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
-tgatttg
- - - - - - - -gagtggg
- - - - - - - - - - - - gctactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcataa