1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtaagcattatgactttagctgttacttttaattcatttccatctcttatattcaaattcactatgttgtcttctctttttctggttttttgaatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGAATGCTGGAGAGGACTTGGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G24270.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCA TTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGEST: gi|192307850|gb|FG999329.1|FG999329
genomic: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCAgtaagcatta ... aatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAG
EST: AAAAAGAT-GAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCA TTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGEST: gi|193700809|gb|FK636796.1|FK636796
genomic: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCAgtaagcatta ... aatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAG
EST: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCA TTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGEST: gi|208140247|gb|GD936941.1|GD936941
genomic: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCAgtaagcatta ... aatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAG
EST: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCA TTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAG
genomic: AAAAAGATGGAGACTTTATGTATTTAATTGCTGATGCTGCTGCTGTAGCAgtaagcatta ... aatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAG
tatattcaaattcactatgttgtcttctctttttctggttttttgaatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGAATGCTGGAGAGGACTTGGTG
ttttttgaatgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcattatgactttagctgttacttttaattcatttccatctcttatattcaaattcactatgttgtcttctctttttctggttttttgaatgttacagTTTCAATATGGTAATCCTGATAAAGTATGCAAGCCTATGGTTGAAGCAAAGAATGCTGGAGAGGACTTGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA