Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttgaactgtctctatgtttcttcccagtccccattaatttatgtttatgctaactaaggtgagtgcttgatggcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTAGCATTGTTGACTATAGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G10730.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G10730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT5G48570.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
-------------gtaacttgaactgtctctat-gtttcttcccagtccccattaatttatgtttatgctaactaa-ggtgagtgcttgatggcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTAGCATTGTTGACTATAGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
              ||    |||||     ||| ||||| |    ||       | || | |  |||| ||   || |      | ||| ||   || ||||| ||||| || || |||||||| | ||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |  | || ||  |||| ||||||||||||||||| || ||
gtataatattcatatatacagaacttggaatattgtttcctttttgtatttgacatttcacggctatgatattaaatgacagaggattggtgatctgtgcagAACAAGTGATAGAAGGGCTTGAAAAAGCTGTGATGGGCATGAAGAAGGGTGAGGTAGCACTCATCACAATTTCACCGGAATATGCTTTTGGTTCCTCTGA

upper sequence: GLYMA16G10730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv00s0769g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtaacttgaa--ctgtctctatgtttcttcccagtccccattaatttatgtttatgctaac--taagg--tgagtgcttgatggcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTAGCATTGTTGACTATAGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
|||| |  ||  | || | |       |     ||    |    | ||   ||||  | ||  | |||  ||| |  ||       ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |  | |||||     | || ||||| ||||| ||||| ||
gtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattttgaccttgaggaatgaatttttccctttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTGAGGTAGCCCTTCTCACTATTCATTCAGATTATGCATTTGGCTCATCTGA

upper sequence: GLYMA16G10730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv00s0958g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaacttgaa--ctgtctctatgtttcttcccagtccccattaatttatgtttatgctaac--taagg--tgagtgcttgatggcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTAGCATTGTTGACTATAGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
|||| |  ||  | || | |       |     ||    |    | ||   |||| || ||  | |||  ||| |  ||       ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |  | |||||     | || ||||| ||||| ||||| ||
gtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattctgaccttgaggaatgaatttttccctttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTGAGGTAGCCCTTCTCACTATTCATTCAGATTATGCATTTGGCTCATCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11687869|gb|BF595545.1|BF595545
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAATGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|58020765|gb|CX707507.1|CX707507
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|7684632|gb|AW755280.1|AW755280
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|7146792|gb|AW508714.1|AW508714
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|14011452|gb|BG726374.1|BG726374
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|192317652|gb|FK011330.1|FK011330
EST:     AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGG                         AGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGTCATGATGATGAAGGAGGGCTGTTTGAATTCAAAACTGATGAGGgtaacttgaa ... gcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccccattaatttatgtttatgctaactaaggtgagtgcttgatggcttgagcagAGCAAGTAATTGATGGGCTTGACAGAGCTGTGTTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTAGCATTGTTGACTATAGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
     attaatttatgtttat  TA-rich tract