1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtttgtgcctggtaaattaggtttgtttattaggttagtcagacactgctgcttgatgatgcttttgtgacattgttttttatgtaatacacaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATCGTGGTAAAAAATCCTCCAAATTGGAGATCACTACAGAGCAAGAAGATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G07110.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|254347046|gb|GR856716.1|GR856716
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|192313595|gb|FK005591.1|FK005591
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGGATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|254327243|gb|GR836852.1|GR836852
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|192306920|gb|FG999953.1|FG999953
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|254327242|gb|GR836851.1|GR836851
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATEST: gi|151401800|gb|EV271613.1|EV271613
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTAT
EST: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGA-TATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTG GTATCTGTATTCTTTGACAT-ATTTTCATTATTCA-CATT
genomic: ATTCATGGGTCAACTTCTATGGGAATATAGGAAAAGTGTTGCTATCTTTGgtatgggaag ... acaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATT
ctgctgcttgatgatgcttttgtgacattgttttttatgtaatacacaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATCGTGGTAAAAAATCCTCCAAATTGGAGATCACTACAGAGCAAGAAGATC
gcttgat putative branch site (score: 5)
attgttttttatgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtgcctggtaaattaggtttgtttattaggttagtcagacactgctgcttgatgatgcttttgtgacattgttttttatgtaatacacaactgcagGTATCTGTATTCTTTGACATTATTTTCATTATTCAACATTATGTTCTGTATCGTGGTAAAAAATCCTCCAAATTGGAGATCACTACAGAGCAAGAAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - gtgcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct