1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...agttggacatgcatgccataggctagctgtttgtcattttgttttggattttagtcatatgtgtgaccgtgtaagtgctcgttactattttgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTTCAGGAGGATAAGGATAAGGTGGAGGCAAAAGAAGTAGAGCTTTTTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G05150.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAG GTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTEST: gi|193716983|gb|FK654681.1|FK654681
genomic: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAGgttagtttct ... tgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCT
EST: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAG GTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACNTGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTEST: gi|8286107|gb|BE023666.1|BE023666
genomic: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAGgttagtttct ... tgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCT
EST: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAG GTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTEST: gi|21677331|gb|BQ629682.1|BQ629682
genomic: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAGgttagtttct ... tgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCT
EST: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAG GTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCT
genomic: TACTCCATGGGTGATAATGAAGTTGATCTTCTACTTCCCGGTATTGCAAGgttagtttct ... tgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCT
ggattttagtcatatgtgtgaccgtgtaagtgctcgttactattttgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTTCAGGAGGATAAGGATAAGGTGGAGGCAAAAGAAGTAGAGCTTTTTGAG
ctatttt CT-rich tract
ttactatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agttggacatgcatgccataggctagctgtttgtcattttgttttggattttagtcatatgtgtgaccgtgtaagtgctcgttactattttgtcactcagGTTGCGGGTGCAGCTTGGAGTAAACATGCCAGCTCAAGCTACTCGCAGGCTTCAGGAGGATAAGGATAAGGTGGAGGCAAAAGAAGTAGAGCTTTTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - ggacatg
- - - - - -catgcca
- - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taagtgc