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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttaactgctaaattcatggttgctggttgttacagtctagtgagattattaaatatcttgttcattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCTTCTGACCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29400.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193358429|gb|FK324999.1|FK324999
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254315528|gb|GR825337.1|GR825337
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254342188|gb|GR853325.1|GR853325
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|11690379|gb|BF598055.1|BF598055
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254317765|gb|GR826749.1|GR826749
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|298192219|gb|HO036301.1|HO036301
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGAT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGAT
EST: gi|18039284|gb|BM307578.1|BM307578
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|151402759|gb|EV272572.1|EV272572
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208291455|gb|GE096721.1|GE096721
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208253800|gb|GE055554.1|GE055554
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254317766|gb|GR826750.1|GR826750
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|193425337|gb|FK389940.1|FK389940
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|298167595|gb|HO012858.1|HO012858
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTAT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTAT
EST: gi|192294103|gb|FG986192.1|FG986192
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|192300261|gb|FG987838.1|FG987838
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTT
EST: gi|208132249|gb|GD930280.1|GD930280
EST:     TACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: TACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|192324117|gb|FK017848.1|FK017848
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|20498002|gb|BQ272932.1|BQ272932
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTT
EST: gi|151393588|gb|EV263463.1|EV263463
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|207796498|gb|GD769792.1|GD769792
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTA
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTA
EST: gi|193338173|gb|FK303856.1|FK303856
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254342187|gb|GR853324.1|GR853324
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|51336638|gb|CO980504.1|CO980504
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|151412116|gb|EV281928.1|EV281928
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|12773661|gb|BG238588.1|BG238588
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|11275065|gb|BF325388.1|BF325388
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208271333|gb|GE067877.1|GE067877
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttgctggttgttacagtctagtgagattattaaatatcttgttcattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCTTCTGACCACAA
                                      tcttgttc  CT-rich tract
                           attattaaatatcttg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtactttaactgctaaattcatggttgctggttgttacagtctagtgagattattaaatatcttgttcattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCTTCTGACCACAA

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