Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagagctagatttatctgttttgatgactcatgcataatgcattgcttcagttaagtaaaattattcttgaatcatttcccccccactcccgatccctatttgttctattttatttatttatttatcctctttctttatgcgagtgcttacaatgatattctctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATAACACATTTCTGGAGTTACTATTTTGTGGGGACTAAAAATTGTAACCCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29120.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207807957|gb|GD778950.1|GD778950
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGACAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193548965|gb|FK510062.1|FK510062
EST:     TATCTTCTCTTCTTTTCTTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATCTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: TATCTTCTCTTC-TTTC-TTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193451390|gb|FK421352.1|FK421352
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193674870|gb|FK620454.1|FK620454
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193619207|gb|FK568429.1|FK568429
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|207731132|gb|GD706577.1|GD706577
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCTAGTTTTAACTAAT
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGC-AGTTTTAACTAAT
EST: gi|193575384|gb|FK527597.1|FK527597
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATCTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|208217544|gb|GE014778.1|GE014778
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193569967|gb|FK526718.1|FK526718
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATCTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|20813684|gb|BQ298162.1|BQ298162
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|208082995|gb|GD884879.1|GD884879
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|207691029|gb|GD671609.1|GD671609
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTA
EST: gi|208258712|gb|GE054179.1|GE054179
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAG
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAG
EST: gi|209715423|gb|BW682128.1|BW682128
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|193590700|gb|FK544573.1|FK544573
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|10253538|gb|BE821304.1|BE821304
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
EST: gi|213600183|gb|DB976058.1|DB976058
EST:     ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAG                         ATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA
genomic: ACTATCTTCTCTTCTTTCTTGTACATCACTTCTTCTTGATCAGAAATGAGgtaagagcta ... ctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatttatcctctttctttatgcgagtgcttacaatgatattctctatttgcagATATTTTGGGCTATGATAGACATGGATGAGATTATGCAGTTTTAACTAATAACACATTTCTGGAGTTACTATTTTGTGGGGACTAAAAATTGTAACCCAA
                           tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                         ttctctattt  putative PPT
             tttctttat  TA-rich tract