Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaagttccctcacccctttcttctctctgtcactcacaagactattcggttgtgataatgtacgtaacatttgtttatggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G21310.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192315128|gb|FK009952.1|FK009952
EST:     TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAG                         AATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
genomic: TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAGgcaagttccc ... tggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
EST: gi|208156079|gb|GD952343.1|GD952343
EST:     TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAG                         AATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
genomic: TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAGgcaagttccc ... tggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
EST: gi|192317082|gb|FK007849.1|FK007849
EST:     TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAG                         AATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
genomic: TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAGgcaagttccc ... tggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
EST: gi|192317081|gb|FK007848.1|FK007848
EST:     TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAG                         AATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
genomic: TGGTACTGATAGTGGTGTGGGTTGGTTTCCTACTAGTTCAAGTCATCAAGgcaagttccc ... tggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
EST: gi|14126025|gb|BG790463.1|BG790463
EST:     TTCAAGTCATCAAG                         AATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
genomic: TTCAAGTCATCAAGgcaagttccc ... tggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcacaagactattcggttgtgataatgtacgtaacatttgtttatggtctgcagAATGATGTAGAGGCATGCAGTGCATGGTATTGGGTGCTTTTTGGCTTGCAG
                                taacatttgtttat  TA-rich tract