Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aattcactttgacagattcggatttctaggatttgattggtttgttcccttatgggtggtgtttttatggattgactgaacttagttttctcttgtgcagCACTGGGAACACCTCTGTGAGTGCAAAACTGTAAAACTACGTCTTCTCTATCGGCATTCACTTGCAGAATTATATGACTTGGCATTTTCTATGGACAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02580.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208282244|gb|GE076842.1|GE076842
EST:     TCTCTGCTGTTGTATGTGGTTGCAGGCCATCGACTTTTGTTTGTCTGGAG                         CACTGGGAACACCTCTGTGAGTGCAAAACTGTAAAACTACGTCTTCTCTAT
genomic: TCTCTGCTGTTGTATGTGGTTGCAGGCCATCGACTTTTGTTTGTCTGGAGgtaaatgaat ... tcttgtgcagCACTGGGAACACCTCTGTGAGTGCAAAACTGTAAAACTACGTCTTCTCTAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccttatgggtggtgtttttatggattgactgaacttagttttctcttgtgcagCACTGGGAACACCTCTGTGAGTGCAAAACTGTAAAACTACGTCTTCTCTATCGGCATTCACTTGCAGAATTATATGACTTGGCATTTTCTATGGACAAAT
                        gattgac  putative branch site (score: 3)
                                   cttagttttctctt  putative PPT
              tgtttttat  TA-rich tract