Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttcatctttttttactttagtccagagttccaaaactgtgtcctgcacttttatggcttggtttgattgcttggagctttgcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTGTCTATGCCGACCATAGATGCATCAGATCCAAAGGGAAACATAGGCACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02560.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58024016|gb|CX710757.1|CX710757
EST:     AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAG                         CTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
genomic: AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAGgtttcatctt ... gcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
EST: gi|208086371|gb|GD879433.1|GD879433
EST:     AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAG                         CTGGAATGTGTT-CCTGTGGTCATTCCTGGTATG
genomic: AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAGgtttcatctt ... gcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATG
EST: gi|209710881|gb|BW653642.1|BW653642
EST:     AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAG                         CTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
genomic: AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAGgtttcatctt ... gcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
EST: gi|7925555|gb|AW831590.1|AW831590
EST:     AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAG                         CTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
genomic: AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAGgtttcatctt ... gcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
EST: gi|21993995|gb|BQ785523.1|BQ785523
EST:     AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAG                         CTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG
genomic: AGGTGGGCTTGAGAGAGATTATCCAAGCTGGAAATAATGAACGTTATCAGgtttcatctt ... gcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtgtcctgcacttttatggcttggtttgattgcttggagctttgcctttacagCTGGAATGTGTTTCCTGTGGTCATTCCTGGTATGCCTCCCGGGATGAGGTGTCTATGCCGACCATAGATGCATCAGATCCAAAGGGAAACATAGGCACAG
                         gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                         ctttgccttt  putative PPT
           acttttat  TA-rich tract