1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatatgattttagatttgcctctttatatgttcaggcctacttttcaatttgtttttcagagatcatacgtacggatcttggaacttagcttttgatggattatatgacaaggtgttgcttacttactggatgtccaccgttaaatgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGTCATGATGGAATGGTCCGATTGTGGCAGTCCAATCTCAATGGTGTTTGGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G02070.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATG GTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGTEST: gi|208294266|gb|GE093007.1|GE093007
genomic: TGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATGgtatatgatt ... tgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGT
EST: TGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATG GTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGTEST: gi|151410765|gb|EV280580.1|EV280580
genomic: TGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATGgtatatgatt ... tgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGT
EST: GAAGACTCCCAGTGGAGAGAGTTGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATG GTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGT
genomic: GAAGACTCCCAGTGGAGAGAGTTGCACTACTGTCAGGTCATGAGGGCATGgtatatgatt ... tgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGT
ttatatgacaaggtgttgcttacttactggatgtccaccgttaaatgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGTCATGATGGAATGGTCCGATTGTGGCAGTCCAATCTCAATGGTGTTTGGC
tacttac putative branch site (score: 1)
tgtttttt putative PPT
ttaaatgtttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatgattttagatttgcctctttatatgttcaggcctacttttcaatttgtttttcagagatcatacgtacggatcttggaacttagcttttgatggattatatgacaaggtgttgcttacttactggatgtccaccgttaaatgttttttagGTGTGGCAAATGGAGTGGGATATGAGTGGAATGACTTTGGCTACTACAGGTCATGATGGAATGGTCCGATTGTGGCAGTCCAATCTCAATGGTGTTTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA