Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcatttctctttttgaggtcctactatttcagttgtttggatatgagtggtgtccacacgaatgatggtcattgaatttgggtatgcttttgaatgcagGTGGACATGGTTACTCCTTTGTGTTCCCAATTAACATATGAGGGGCTACTTGACGAGGCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35210.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT3G54860.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
tgcatttctctttttgaggtcctactatttcagttgtttggatatgagtggtgtccacacgaatgatggtcattgaatttgggt---atgcttttgaatgcagGTGGACATGGTTACTCCTTTGTGTTCCCAATTAACATATGAGGGGCTACTTGACGAGGCAA
  | |         |  || |   ||  | |  ||||| ||   ||  |    |  ||  ||      |  |||   ||    |   | | || ||  | ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||    
-acttaatctggaattgggactggctgatacc-ttgttaggcggtggttaccttttacttgacatggcgctattagtttcaaattttacgtttctgt-ttcagGTTGACATGGTTACTCCTATGTGTTCCCAGTTAACTTATGAGGGACTAATAGACGAG----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208181975|gb|GD975536.1|GD975536
EST:     ATGGTTGTGCCAGAGATAAATACAGTAATCCTTTTAGATAGAGAG                         GTGGACATGGTTACTCCTTTGTGTTCC
genomic: ATGGTTGTGCCAGAGATAAATACAGTAATCCTTTTAGATAGAGAGgtccatcctg ... ttgaatgcagGTGGACATGGTTACTCCTTTGTGTTCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtggtgtccacacgaatgatggtcattgaatttgggtatgcttttgaatgcagGTGGACATGGTTACTCCTTTGTGTTCCCAATTAACATATGAGGGGCTACTTGACGAGGCAA
                                        tgctttt  CT-rich tract
                          attgaattt  TA-rich tract