1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tttttattcctggagttttttctttgcctaaatagttttcatactgtatcttattaaaattctttttgatgttctggttttgtttgctgattgggaacagGAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAAGGCATGAATCACATGCAGAGGATGTTGGAGGCCTGCATGGATATGCAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G34240.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTTGCATCAAACTGGATGGTCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATT GAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAAEST: gi|192314587|gb|FK008123.1|FK008123
genomic: ATTTGCATCAAACTGGATGGTCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATTgtatgcatct ... ttgggaacagGAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAA
EST: ATTTGCATCAAACTGGATGGCCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATT GAGTGGGAGATEST: gi|192314588|gb|FK008124.1|FK008124
genomic: ATTTGCATCAAACTGGATGGTCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATTgtatgcatct ... ttgggaacagGAGTGGGAGAT
EST: ATTTGCATCAAACTGGATGGCCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATT GAGTGGGAGATAATGAATGATTTA-GATCAGACATGGCA-GACTTCAGCAA
genomic: ATTTGCATCAAACTGGATGGTCTCGCCATAGCATGCATCGTTCTGAAATTgtatgcatct ... ttgggaacagGAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAA
gtatcttattaaaattctttttgatgttctggttttgtttgctgattgggaacagGAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAAGGCATGAATCACATGCAGAGGATGTTGGAGGCCTGCATGGATATGCAAC
tgctgat putative branch site (score: 3)
ttattaaaattctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttattcctggagttttttctttgcctaaatagttttcatactgtatcttattaaaattctttttgatgttctggttttgtttgctgattgggaacagGAGTGGGAGATAATGAATGATTTAAGATCAGACATGGCAAGACTTCAGCAAGGCATGAATCACATGCAGAGGATGTTGGAGGCCTGCATGGATATGCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - -tcctgga
- - - - - - - - - - -ctttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgctga