1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtagtcataagtatatttgcgtattagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacattccactttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G40990.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGAEST: gi|207838375|gb|GD811129.1|GD811129
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: ATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|208335402|gb|GE135937.1|GE135937
genomic: ATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTAEST: gi|193335273|gb|FK297985.1|FK297985
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTA
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|193391563|gb|FK356462.1|FK356462
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGAEST: gi|207777548|gb|GD747509.1|GD747509
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|208317303|gb|GE113256.1|GE113256
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|208132100|gb|GD929011.1|GD929011
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCEST: gi|193437777|gb|FK399612.1|FK399612
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTC
EST: ACAATGATGGTATTCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|208066793|gb|GD866480.1|GD866480
genomic: ACAATGATGG-A-TCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGAEST: gi|208329355|gb|GE131269.1|GE131269
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|193423091|gb|FK389318.1|FK389318
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|208267232|gb|GE065609.1|GE065609
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|193500706|gb|FK464503.1|FK464503
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: AAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTEST: gi|213589246|gb|DB957778.1|DB957778
genomic: AAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: ATTTGAAGTATGATAACTGTAAACA-TGATGGATCGAAACCAACTGATAG ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: ATTTGAAGTATGATAACTGTAA-CAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
ttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG
tcttcat CT-rich tract
tttacttctttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtcataagtatatttgcgtattagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacattccactttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT