Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggctaaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40690.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
---------caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggctaaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC
          |  | || |  || |    |          | |    |  ||||    ||  |   |    |       ||   |||   ||    ||||       |||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||| | |||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||| | ||||| ||  | |
gtgagaacgaagatgagaagatagtttcttctgtctttctatactgaatttgaatttgaaccactcaaatttgacgagaatggctgttccttcttttgtg-----atagATGATTCTGGATGCCATTGAGCAAGTGGGTGGCATCTATTTGGTCACCGCCGATCATGGCAACGCCGAGGATATGGTGAAGAGGAACAAATCCGGCCAGC

upper sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggct--aaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC
       |  |  ||    |  |  ||| | |         | |   ||  || | |  |   |  ||| || | |||   |     | ||        ||||| ||| | || || || || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||  | |
-------gtgagcacaaacaagacaaaatatatgcagacagttatttctgcaagtcgtcatgtaccgtaatggt-aatccctcccctcctgga-----acagATTATTTTGGACGCGATTGAACAAGTCGGTGGTATTTATCTTGTCACCGCTGATCATGGAAATGCTGAGGATATGGTGAAAAGAAACAAATCTGGCCAGC

upper sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT1G09780.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggctaaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC
           |   |  |||||    |   ||||  |   | | |   | ||   |    | ||| |   |||    | |  |   |  ||  |||||||||||| |||||||||| || ||||||   |||||||||||||| || ||||| || || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |
----------gtatgttttataagtttattgacaa--gtcttaatgatgatatgtgtg---agtgtgtgacttagcccacaaatggtttggttgttgcagATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGTGAAAGGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGATAAATCTGGCAAGC

upper sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggctaaatagctac--tcattgta-ttgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC
 |   || ||   | |  |        |   |||  | |  ||    ||||||   ||   | |  | | ||   | || ||||   || ||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||  | |
aagagaaacatagagttttggtggtgtatggacagaaaaagtgcta-ctaaatttttataatgagcgaaattagctgat-tataaaaac-tgtatgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCAGATCATGGAAATGCTGAGGACATGGTGAAGAGGAATAAGTCTGGTCAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6134275|gb|AW132668.1|AW132668
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|17964652|gb|BM271384.1|BM271384
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|193542604|gb|FK501041.1|FK501041
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|7925554|gb|AW831589.1|AW831589
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTAGATGCAATAGAAGCA-GTGGG
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGA-GCAAGTGGG
EST: gi|33387910|gb|CA851117.1|CA851117
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACAGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|37994438|gb|CF806184.1|CF806184
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGTTT                         TTGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATTTTTTCTCCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|254346935|gb|GR856657.1|GR856657
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|151401069|gb|EV270883.1|EV270883
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAG-CAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCA-TAGAGCA-GTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|151397920|gb|EV267793.1|EV267793
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|254346385|gb|GR856107.1|GR856107
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|10845255|gb|BF068411.1|BF068411
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCAC
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCAC
EST: gi|17401042|gb|BM177824.1|BM177824
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|298181410|gb|HO022849.1|HO022849
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|254321595|gb|GR824912.1|GR824912
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|14990679|gb|BI316352.1|BI316352
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|254344788|gb|GR855552.1|GR855552
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACAGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|10845312|gb|BF068459.1|BF068459
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|254346934|gb|GR856656.1|GR856656
EST:     ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: gi|26268189|gb|CA819252.1|CA819252
EST:     CTGCTGTGAAG                         ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: CTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggctaaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC
                        gattaat  putative branch site (score: 3)
                attgtattgattaatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caattaagcaattactgctataaagaaacaaacaacagagatgaaggctaaatagctactcattgtattgattaatgtatatttacatgtgtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTGACCATGGGAATGCAGAGGATATGGTCAAGAGGGATAAATCTGGAAAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - tactgct
- - - - - - - - - - -aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - aacaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctactca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacatgt