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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgtctcttgatcattggaaggtcgtgattgttttttaagttgtaaatattcttaggagtaccagtttcactgacaagaattttggtttgtgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAGAAAGGTTCTCATGACGTGTCTGTCGTCAAATAATTATATGAATTGGTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40060.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17153643|gb|BM143576.1|BM143576
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|254336246|gb|GR842425.1|GR842425
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|58015330|gb|CX702072.1|CX702072
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|254343225|gb|GR856929.1|GR856929
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|213588887|gb|DB984386.1|DB984386
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|254324273|gb|GR840590.1|GR840590
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGA-TAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|7691912|gb|AW760029.1|AW760029
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|192323627|gb|FK019038.1|FK019038
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         T-GCTTCCTGCCCCGGTCA
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCA
EST: gi|254343224|gb|GR856928.1|GR856928
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGA
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGA
EST: gi|151394416|gb|EV264287.1|EV264287
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|214005573|gb|DB984581.1|DB984581
EST:     TGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTTGAAGAATAG
genomic: TGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|120492016|gb|EH220183.1|EH220183
EST:     CGTAACTGGGGCTTTTGGGATT-GTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCCTGCCC
genomic: CGTAACTGGGGCTTTTGG-ATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCC-TGCCC
EST: gi|254324274|gb|GR840591.1|GR840591
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|13312196|gb|BG405856.1|BG405856
EST:     GCGTAACTGGNGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTG
EST: gi|58015584|gb|CX702326.1|CX702326
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|254330639|gb|GR841904.1|GR841904
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|13480395|gb|BG509738.1|BG509738
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|19269910|gb|BM886166.1|BM886166
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGTAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|254336245|gb|GR842424.1|GR842424
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTA-TATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTG
EST: gi|19347174|gb|BM892054.1|BM892054
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|11412943|gb|BF424954.1|BF424954
EST:     GTAACTTGGGGCCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTGCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GTAAC-TGGGG-CTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|22927124|gb|BU544263.1|BU544263
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|23732138|gb|BU764224.1|BU764224
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|48575471|gb|CO036420.1|CO036420
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|6724567|gb|AW308966.1|AW308966
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|23730911|gb|BU763562.1|BU763562
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|193622457|gb|FK570533.1|FK570533
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGG
EST: gi|6071462|gb|AW100849.1|AW100849
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|192316781|gb|FK006484.1|FK006484
EST:     GCGTAACAGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|6666969|gb|AW278428.1|AW278428
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|15199285|gb|BI423754.1|BI423754
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|6963494|gb|AW432187.1|AW432187
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTAGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
EST: gi|7691181|gb|AW759313.1|AW759313
EST:     GCGTAACTGGNGCTNNTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTGCTGCCCCCGTCAAGTCC
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCC
EST: gi|22932789|gb|BU549928.1|BU549928
EST:     GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAG                         TTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG
genomic: GCGTAACTGGGGCTTTTGGATTTGTTTCGTCTCTAATATCTTGCTATCAGgtacctgcta ... tgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatattcttaggagtaccagtttcactgacaagaattttggtttgtgcaatgcagTTGCTTCCTGCCCCGGTCAAGTCCAAAACTGTGTGAAGTGTGGAAGAATAGAAAGGTTCTCATGACGTGTCTGTCGTCAAATAATTATATGAATTGGTCA
                       cactgac  putative branch site (score: 2)
                              aagaatttt  TA-rich tract