1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaggtaaaaccatctggctgatattgaaataatcttttccacattatgttttactcatagtacatccatgaaagtcaagtcattggtgatccacttgcagGTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAGGCTAGAGCAACACTTGGGCAAACAGATGCTGCCAGGGAAGATTTTCTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G36250.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCAACACT GTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAGEST: gi|192332872|gb|FK024969.1|FK024969
genomic: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCAACACTgtgcgtatcg ... ccacttgcagGTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAG
EST: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCAACACT GTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAGEST: gi|254317052|gb|GR825997.1|GR825997
genomic: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCAACACTgtgcgtatcg ... ccacttgcagGTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAG
EST: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCA-CACT GTACTGGGTGGAG-ATGAGA
genomic: GTTTGATTAAGCTGAACCGCTACGAAGAAGCTATAGGACAATGCAACACTgtgcgtatcg ... ccacttgcagGTACTGGGTG-AGGATGAGA
atgttttactcatagtacatccatgaaagtcaagtcattggtgatccacttgcagGTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAGGCTAGAGCAACACTTGGGCAAACAGATGCTGCCAGGGAAGATTTTCTAA
tccactt CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaggtaaaaccatctggctgatattgaaataatcttttccacattatgttttactcatagtacatccatgaaagtcaagtcattggtgatccacttgcagGTACTGGGTGAGGATGAGAACAATGTGAAGGCGTTATTTAGGCGAGGTAAGGCTAGAGCAACACTTGGGCAAACAGATGCTGCCAGGGAAGATTTTCTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- -gtaaaac
- - - - - - - tggctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ttccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attggtg