1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaaaaatagtttcctaaaatttatttaggattacattttgctttaagaatcaattattaacaactcaaataagttgatgtaacatatgttttgctttcagTGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAAACAAACCAATTGAAGAAGGGATCATTGAGCAGCTTTGTTTGCGTAACCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G24430.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGCAGAAGCGGATATTTG TGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAAEST: gi|10846250|gb|BF069179.1|BF069179
genomic: GAGCAGAAGCGGATATTTGgtaagatcca ... ttgctttcagTGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAA
EST: ATTGTTT-GAAATGG-ATAGCTTGGGATGGTGAGCAGAAGCGGATATTTG TGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAA
genomic: AT-GTTTTGAA-TGGGATAGCTTGGGATGGTGAGCAGAAGCGGATATTTGgtaagatcca ... ttgctttcagTGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAA
agaatcaattattaacaactcaaataagttgatgtaacatatgttttgctttcagTGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAAACAAACCAATTGAAGAAGGGATCATTGAGCAGCTTTGTTTGCGTAACCC
ttttgctttc CT-rich tract
aattattaacaactca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaaaatagtttcctaaaatttatttaggattacattttgctttaagaatcaattattaacaactcaaataagttgatgtaacatatgttttgctttcagTGACTGGAAAACTGTGGCCAAAGCTGTATGAAATCAAGGTTTCTCCAGTAAACAAACCAATTGAAGAAGGGATCATTGAGCAGCTTTGTTTGCGTAACCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caactca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catatgt