1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gaccttattgttggcatatggactaaattttgtcccatctcttaacttttatctcgatttccttgcaaaaatggtttatccctttctgtgaattttgcagTTACTGGAAGTCAAAGACCTTCTTACCCATCCTCAAAACAAACAAGAGATTGGGACAAGATTGAAGCTCAAGTCAAGAAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G23980.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAATTCACCAGAGACATCGTTGTTCAACAGAGGGTTAATGCTTCTTCAG TTACTGGAAGTCAAAGACCTTCTTACCCATCCTCAAAACAAACAAGAGATT
genomic: AGAATTCACCAGAGACATCGTTGTTCAACAGAGGGTTAATGCTTCTTCAGgtaacttaag ... aattttgcagTTACTGGAAGTCAAAGACCTTCTTACCCATCCTCAAAACAAACAAGAGATT
cttttatctcgatttccttgcaaaaatggtttatccctttctgtgaattttgcagTTACTGGAAGTCAAAGACCTTCTTACCCATCCTCAAAACAAACAAGAGATTGGGACAAGATTGAAGCTCAAGTCAAGAAAGAG
tgaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaccttattgttggcatatggactaaattttgtcccatctcttaacttttatctcgatttccttgcaaaaatggtttatccctttctgtgaattttgcagTTACTGGAAGTCAAAGACCTTCTTACCCATCCTCAAAACAAACAAGAGATTGGGACAAGATTGAAGCTCAAGTCAAGAAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - tgttggc
- - - - - - - - - - - - - - - tgtccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttgca