Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttgagttacaatgaaaataagctataatttgcttgagcatgaaagctataatcagattcgtcttcctctatatgacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGTTTCATAATGTACCTTTTTATGTGGCTGCACCCCTAACTTCCATTGATCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G08190.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6455289|gb|AW185972.1|AW185972
EST:     GGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATG                         GTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
genomic: GGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATGgtactttgag ... gacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
EST: gi|192321692|gb|FK014036.1|FK014036
EST:     AGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATG                         GTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
genomic: CGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATGgtactttgag ... gacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
EST: gi|192308220|gb|FK000856.1|FK000856
EST:     GGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATG                         GTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
genomic: GGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATGgtactttgag ... gacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
EST: gi|254341135|gb|GR854863.1|GR854863
EST:     AGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATG                         GTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
genomic: CGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATGgtactttgag ... gacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
EST: gi|21600546|gb|BQ610877.1|BQ610877
EST:     AGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATG                         GTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT
genomic: CGGACATGTGGATGCTGTTGTTGTTGGGGCAGATCGGGTTGCATCAAATGgtactttgag ... gacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcttgagcatgaaagctataatcagattcgtcttcctctatatgacattgcagGTGACACAGCCAACAAAATTGGAACCTACAGCGTTGCCTTGTCCGCTAAGTTTCATAATGTACCTTTTTATGTGGCTGCACCCCTAACTTCCATTGATCT
                  tataatca  TA-rich tract