Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G46090.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G46090.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT5G48570.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
-----------gtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgt---ttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
            ||  |  | | ||   | | |  |        || ||   | || |      |  | |  | || |||  |    ||| ||  |||   ||||||||||  | || || ||||| | ||||||  ||   ||||||||||||||||| |||||  | || ||| |||| ||||||||||||||||| || ||
gtataatattcatatatacagaacttggaatattgtttcctttttgtatttgacatttcacggcta-tgatattaaatgacagaggattggtgatctgtg-cagAACAAGTGATAGAAGGGCTTGAAAAAGCTGTGATGGGCATGAAGAAGGGTGAGGTAGCACTCATCACAATTTCACCGGAATATGCTTTTGGTTCCTCTGA

upper sequence: GLYMA08G46090.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT3G25230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
-----------------------------gtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
                              ||||||    |  | ||||    |   |   ||| ||     ||   ||  || |||| |  || | |||   ||   |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||  ||||| |||||||| || ||| || ||||||| |  ||||| ||||| ||||||||    ||
gtaactacacagttcctagtatttttctgataactttcctttggatagt----tggatgtgctggattttccatggcttacttagtcatggtaactcatttactgg-atgcttaaacagAGCAAGTTGTCGATGGACTTGATAGAGCTGTCATGAAGATGAAAAAGGGTGAAGTGGCATTGGTGACCATAGACCCTGAGTATGCCTTTGGTTCTAATGA

upper sequence: GLYMA08G46090.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv00s0769g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatatt----ttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
|||| |  ||  | | |  |   | |||   |     |    | | || |    |||||  |  |   | ||| | |||    | ||| | |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||  | || |||    | || ||||| ||||| ||||| ||
gtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattttgaccttgaggaatgaatttttccctttctgga-cagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTGAGGTAGCCCTTCTCACTATTCATTCAGATTATGCATTTGGCTCATCTGA

upper sequence: GLYMA08G46090.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv00s0958g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttt----tggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
|||| |  ||  | | |  |   | |||   |     |    | | || | ||    ||  |  |   | ||| | |||    | ||| | |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||  | || |||    | || ||||| ||||| ||||| ||
gtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattctgaccttgaggaatgaatttttccctttctgga-cagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTGAGGTAGCCCTTCTCACTATTCATTCAGATTATGCATTTGGCTCATCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193571590|gb|FK532821.1|FK532821
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208245349|gb|GE041673.1|GE041673
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207682173|gb|GD667134.1|GD667134
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207686419|gb|GD669219.1|GD669219
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193648342|gb|FK595339.1|FK595339
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGG
EST: gi|207791336|gb|GD760065.1|GD760065
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193514593|gb|FK471903.1|FK471903
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACNGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTN
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193390749|gb|FK355507.1|FK355507
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208134532|gb|GD930925.1|GD930925
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208131191|gb|GD931078.1|GD931078
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208141220|gb|GD934386.1|GD934386
EST:     CAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: CAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207778171|gb|GD748356.1|GD748356
EST:     TTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: TTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193442340|gb|FK406121.1|FK406121
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207781046|gb|GD753653.1|GD753653
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208155862|gb|GD954450.1|GD954450
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193645270|gb|FK587900.1|FK587900
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGAGGTTGCACTGTTGACCATTGCACCTGAATATGCTTTTGGTTCATCAGA
                                    gtttgat  putative branch site (score: 5)
     aatatatattttttgg  TA-rich tract