Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcttcagaaacatttttttattgaagaaaaaagatagaggacaaatattttggtgtacttaatactgttagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G32090.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254335594|gb|GR847122.1|GR847122
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|120494681|gb|EH222848.1|EH222848
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|192313583|gb|FK004165.1|FK004165
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|192313582|gb|FK004164.1|FK004164
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|51336342|gb|CO980208.1|CO980208
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|254335595|gb|GR847123.1|GR847123
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|193456982|gb|FK422748.1|FK422748
EST:     CTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|7692091|gb|AW760206.1|AW760206
EST:     AGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: AGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
EST: gi|120494767|gb|EH222934.1|EH222934
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCTAATCCTTTAGACCTCTTTCCCCAGgtagcttcag ... tagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagaaaaaagatagaggacaaatattttggtgtacttaatactgttagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG
                                 acttaat  putative branch site (score: 4)
 acaaatatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagcttcagaaacatttttttattgaagaaaaaagatagaggacaaatattttggtgtacttaatactgttagatgacagGGCCTTCCTAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCCTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT