Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtaatagctgtttattattattatttttgtaattatttgtatgttatatgtttttaattctaaatacttttatttgttgttgatgtggttaacctttcccttttatagACACCACTTGAAAATTTAGAACCTGTTTTGCGAGAAGATATTCAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20610.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20610.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv09s0002g02200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
---------gtgtgtaatagct-gtttattattattatttttgtaattatttgtat----gttatatgtttttaattctaa-----atacttttatttgttg---ttgatgtggttaacctttcccttttatagACACCACTTGAAAATTTAGAACCTGTTTTGCGAGAAGATATTCAGAAG
          | | |  |  ||  |||  | ||||  |    |  ||   | ||||    ||| ||||||| |   | |||     ||| |    |  | ||   || | |||  | |  |||    | || |||||||||| |||||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||
gtgtgttttctctcttgtgccttatttgatgttatagtgcgagggatagctagtattttagttgtatgtttgtttgtttaagtgagatattaaggtgagctgaactttaagtg-ctgattttttttgtatacagACACCACTGGAAAATTTAGAACCTGTTCTAAGGGAAGATATCCAGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaattctaaatacttttatttgttgttgatgtggttaacctttcccttttatagACACCACTTGAAAATTTAGAACCTGTTTTGCGAGAAGATATTCAGAAG
                                   ttaacctttccctttt  CT-rich tract
       taaatacttttatttg  TA-rich tract