Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcatgtgttaatatttggatgtgtccctataacttattaatgttaaactgccacatttctactctggctggtcatttaccttattttatccatgattctttgtctcctgtagGCTGGACAGGGTGCTCTTCTCCTTAATATTCTTTCAAAATACTGTGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G07160.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7924507|gb|AW830533.1|AW830533
EST:     TCACTATTGCAAAGGAACATGCAAGCTATGGAGAAATCACAGAGTCCAAG                         GCTGGACAGGGTGCTCTTCTCCTTAATATTCTTTCAAAATACTGTGATG
genomic: TCACTATTGCAAAGGAACATGCAAGCTATGGAGAAATCACAGAGTCCAAGgcatgtgtta ... tctcctgtagGCTGGACAGGGTGCTCTTCTCCTTAATATTCTTTCAAAATACTGTGATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctactctggctggtcatttaccttattttatccatgattctttgtctcctgtagGCTGGACAGGGTGCTCTTCTCCTTAATATTCTTTCAAAATACTGTGATG
                                      ttctttgtctcctgt  CT-rich tract
                atttaccttattttat  TA-rich tract