Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttgatgtaaacagtcttgtttataatcatcaattaatggttttttaacacggtgtttttgctttgctttttttgtagtaatgattgaaatttagattattctaccttgtttaatggttttcattcttaaaacttcctaacagGAGTTGTGGGCATTGTTCAATTTCTGTTGCCCAGAGTTGCTTGGTGACCACAAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G00400.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151402061|gb|EV271874.1|EV271874
EST:     GTGCTCATCGCATTATCATTAGCGGCACTCCTTTGCAAAATAACCTGAAG                         GAGTTGTGGGCATTGTTCAATTTCTGTTGCCCAGAGTTGCTTGGTGACCAC
genomic: GTGCTCATCGCATTATCATTAGCGGCACTCCTTTGCAAAATAACCTGAAGgtattttgat ... ttcctaacagGAGTTGTGGGCATTGTTCAATTTCTGTTGCCCAGAGTTGCTTGGTGACCAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttagattattctaccttgtttaatggttttcattcttaaaacttcctaacagGAGTTGTGGGCATTGTTCAATTTCTGTTGCCCAGAGTTGCTTGGTGACCACAAATG
                    gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                            cttcct  putative PPT
                             ttttcattcttaaaa  TA-rich tract