Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggctactttctcttgccatcaaatgttctctagtaacttactacttcttgctcagtacttctgttatatattatcaaacttaaagatttttgcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCCTAAGATACTGATGACTGGAAAATGGAATGAGGCTATGAATTATCAAGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G15930.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G15930.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv08s0007g00480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatggctactttctcttgccatcaaatgttctctagtaacttactacttcttgctcagtacttctgttatatattatcaaacttaaagatttttgcttt--tgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCCTAAGATACTGATGACTGGAAAATGGAATGAGGCTATGAATTATCAAGTT
   ||   |||||   ||  ||  |  ||||  || |||  |   | |    |    | ||  | | || ||  | | |  |  ||   |||  |  |||  |||||||||||| | |||||||||||||| || || |||||| ||||||| || || || ||  |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||  |
---tgttgacttttcttt--cagtatctgttgcct-gtatatagtttcaatatatata-tatatatattctacttaagcttatgtatgcattggtattttactgcagAGCTGGTCGTTATGAAGTGGATGGATATGTATATAATGCTGCTGAGGAACCCAAAATTTTGATAACTGGGAAATGGAATGAGTCAATGAATTATCAACCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23727396|gb|BU761727.1|BU761727
EST:     ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGG                         AGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
genomic: ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGGgtatggctac ... gcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
EST: gi|9820741|gb|BE556251.1|BE556251
EST:     ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGG                         AGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
genomic: ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGGgtatggctac ... gcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
EST: gi|7284099|gb|AW596698.1|AW596698
EST:     ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGG                         AGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
genomic: ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGGgtatggctac ... gcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
EST: gi|254327936|gb|GR834901.1|GR834901
EST:     ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGG                         AGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
genomic: ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGGgtatggctac ... gcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
EST: gi|254332080|gb|GR846283.1|GR846283
EST:     ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGG                         AGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC
genomic: ACTACAGGGGACAAAGTGGTGCTGTATTTTCAACCATGTGGCTGGTTTGGgtatggctac ... gcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgctcagtacttctgttatatattatcaaacttaaagatttttgcttttgcagAGCTGGTAGATATGAAGTGGATGGGTACGTGTATAATTCTGCTGACGAGCCTAAGATACTGATGACTGGAAAATGGAATGAGGCTATGAATTATCAAGTT
                                        tttttgctttt  CT-rich tract
                 ttatatattatcaaac  TA-rich tract