1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtactttattgctctttgactctgcactctatttttgtgggatattacctttatttgtcgtttatgcttaaatggatgaagaatttttggtagtatggttcttactctttattgtatgattcttcattaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGCTAATGTTGCTAAGGAATGTTTGCTGGCTGCAGTTAAAGCAGATAGCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G18330.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAG GTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGEST: gi|193363405|gb|FK328385.1|FK328385
genomic: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAGgtactttatt ... ttaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTG
EST: CTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAG GTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGEST: gi|21255944|gb|BQ452832.1|BQ452832
genomic: CTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAGgtactttatt ... ttaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTG
EST: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAG GTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGEST: gi|7925508|gb|AW831534.1|AW831534
genomic: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAGgtactttatt ... ttaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTG
EST: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAG GTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTG
genomic: GGTCAATTATGCTGCTCTTCTTTTGTGTAAATATGCTTCGGTTGTAGCAGgtactttatt ... ttaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTG
aatttttggtagtatggttcttactctttattgtatgattcttcattaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGCTAATGTTGCTAAGGAATGTTTGCTGGCTGCAGTTAAAGCAGATAGCAA
ttcttcatt CT-rich tract
tttattgtatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactttattgctctttgactctgcactctatttttgtgggatattacctttatttgtcgtttatgcttaaatggatgaagaatttttggtagtatggttcttactctttattgtatgattcttcattaattccagGTCCTGGTGCAAGTGCTGCTGAAGGTGCCATGACTGATCAGATCATGTCTGCTAATGTTGCTAAGGAATGTTTGCTGGCTGCAGTTAAAGCAGATAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT