Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgtttcagcagctattttagatgcataatttatagctataaacttgtaattcacgaaatcactgtgtttcactaacttggagatttttatgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17960.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtgtttcagcagctattttagatgcataatttatagctataaacttgtaattcacgaaatcactgtgtttcactaact-tggagatttttatgattt-ttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA
||  || |    || | |      |    | | |  ||   |  | |  |   || ||   |    |||    | ||  |  | |  | |||  ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| || ||||| || ||| | |||||||| ||||  |||||||| ||||||||
gtactt-actctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCGGAGAACTCCACTACAAATACTACCCGGTTATGCCAAGCACAGTGGAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|57574193|gb|CX547168.1|CX547168
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|6847935|gb|AW350225.1|AW350225
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|12690223|gb|BG156559.1|BG156559
EST:     ACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: ACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|151396982|gb|EV266855.1|EV266855
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATT
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATT
EST: gi|6724865|gb|AW309264.1|AW309264
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|214005036|gb|DB985660.1|DB985660
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|209696469|gb|BW664018.1|BW664018
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|57574361|gb|CX547336.1|CX547336
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|209722635|gb|BW682711.1|BW682711
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|31306894|gb|CD392097.1|CD392097
EST:     CATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCCAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|31464281|gb|CD406309.1|CD406309
EST:     ATTTATCACGCTACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGTAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: ATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGG-AGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|17519310|gb|BM188352.1|BM188352
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|254332573|gb|GR846511.1|GR846511
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTG
EST: gi|193672506|gb|FK618092.1|FK618092
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|120533057|gb|EH261190.1|EH261190
EST:     AATT-ATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|151402945|gb|EV272758.1|EV272758
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|18721231|gb|BM523332.1|BM523332
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|192317519|gb|FK008971.1|FK008971
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
EST: gi|254332574|gb|GR846512.1|GR846512
EST:     AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttc ... tgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaattcacgaaatcactgtgtttcactaacttggagatttttatgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA
                         cactaac  putative branch site (score: 1)
                                       tttttat  putative PPT
                                    agatttttatgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtttcagcagctattttagatgcataatttatagctataaacttgtaattcacgaaatcactgtgtttcactaacttggagatttttatgatttttagTTTACTATGTGGGTCCAAATGGATGGAAGAAATTGTCCGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA

- - - - gcagcta
- - - - - - - - - - - tgcataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcacg