Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttgtatgtttagccttattttgtctccctgaaatgattgagacattgtcaatattttgtaaatgcaaattgaacataaacagctgattgtggtcctttattatctattcagGATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00230.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209705954|gb|BW661771.1|BW661771
EST:     ATACCAAAGGCCCATTTCTTCAAGATATCCTTTATTTGTATCTCAG                         GATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTA
genomic: ATACCAAAGGCCCATTTCTTCAAGATATCCTTTATTTGTATCTCAGgtattttgta ... atctattcagGATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaaatgcaaattgaacataaacagctgattgtggtcctttattatctattcagGATGGATCAAATCCAAATGTTAAAAGTAAGGCTTTGAGCTATGATCAGTTATCTTATATGCAG
                        agctgat  putative branch site (score: 4)
                                              tctattc  putative PPT
                                       tttattatctattca  TA-rich tract