Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaccattgcttacgctgttttatcttattctttttttcagtgattccttttccctttttgattactactgaagtctttcaatttgctcacctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTTCAGAAGGTATCTGAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34360.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34360.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv03s0097g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
----------aaccattgctt-acgctgttttatcttattctttttttc-agtgattccttttccctttttgattactactgaagtctttcaatttgctcacctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTTCAGAAGGTATCTGAGAAG
          ||        | | || |   |     | |     |  | |||||  |  ||||   |  | ||||  | | ||   ||||| |||||   |        ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||
actgggttccaattgccaagtgaggcaggcgtggaaaacttgcaatgccgagtgaagc--tttcttgtaataatta--aatcaaaattttcattttgcctgc--------agGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193394687|gb|FK358188.1|FK358188
EST:     ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAGTCG                         GTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAAATGGTTCTTCTAAGC
genomic: ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAGTCGgtatgatggc ... ctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAA-TGGTTCTTCTAAGC
EST: gi|207734720|gb|GD710151.1|GD710151
EST:     ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAATCG                         GTTGCTACCGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTT
genomic: ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAGTCGgtatgatggc ... ctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTT
EST: gi|192296647|gb|FG991215.1|FG991215
EST:     ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAGTCG                         GTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTT
genomic: ATCGGAAGTCTGGTATTGGTTATGCTGCTCGCTACAACACTGATAAGTCGgtatgatggc ... ctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttttccctttttgattactactgaagtctttcaatttgctcacctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTTCAGAAGGTATCTGAGAAG
                                      tgctcac  putative branch site (score: 2)
                                        ctcacct  CT-rich tract
         tttttgatta  TA-rich tract