1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgttggaagttgtcttgctcaaggttccgtaattctttttttcttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGCCTGAGTGCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G30140.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|193622227|gb|FK569603.1|FK569603
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTAEST: gi|192313375|gb|FK005147.1|FK005147
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|208095648|gb|GD897138.1|GD897138
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|208259467|gb|GE053911.1|GE053911
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTAEST: gi|207752054|gb|GD724495.1|GD724495
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|192313374|gb|FK005146.1|FK005146
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|207771777|gb|GD742552.1|GD742552
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|193656048|gb|FK606678.1|FK606678
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|19347279|gb|BM892159.1|BM892159
genomic: GTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|6915949|gb|AW397479.1|AW397479
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|193531593|gb|FK490965.1|FK490965
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGGACATATATGTTGAATAAGEST: gi|24205309|gb|BU964562.1|BU964562
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|14125915|gb|BG790353.1|BG790353
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|120533574|gb|EH261707.1|EH261707
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGEST: gi|208337504|gb|GE136384.1|GE136384
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGGACATATATGTT
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTT
actgttggaagttgtcttgctcaaggttccgtaattctttttttcttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGCCTGAGTGCAAG
ttccgtaattcttttt CT-rich tract
taattctttttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgttggaagttgtcttgctcaaggttccgtaattctttttttcttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAGCCTGAGTGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA