Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtactttcagaagctattttagatgcataatttatagcgataaacttgcagtgcacaaaatcgccatgtttcattaacttggatatttttatgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37030.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT1G13060.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
gtactttcagaagctattttagatgcataatttatagcgataaacttgcagtgcacaaaatcgccatgtttcattaacttgga-tatttttatgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA
      | || |       |  ||   |  || | |  |  | | ||    | ||  |    |   |   |||| |  |||   | || | ||      ||| ||| | || || ||  | ||||||| |||||| || || |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||  | |||   ||||  |||||
-----gttagtaatctgaatgcatctgtggttca-aatgtaatatttaactttcaagattctgatttagctcataagtttgttctcttctcatatgaccagTGTACCACGTTGGTCCCGAAGGATGGACGAAACTATCAGGAGATGATGTTGGGGAGCTACACTACCATTACTACCCCGTGGCACCAGCTACCGCAGAACA

upper sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtactttcagaagctattttagatgcataatttatagcgataaacttgcagtgcacaaaatcgccatgtttcattaac---ttggatatttttatgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA
|||||| |     || | |      |    | | |  |    |  | |      |||||        |||   || ||   ||  | || | | |  | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||| | |||||||| ||||  |||||||| ||||||||
gtacttactc--tctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCGGAGAACTCCACTACAAATACTACCCGGTTATGCCAAGCACAGTGGAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323597|gb|GR840238.1|GR840238
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254321270|gb|GR824587.1|GR824587
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTG-TG-AGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGA
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGA
EST: gi|58021915|gb|CX708656.1|CX708656
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|9204011|gb|BE330235.1|BE330235
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTGG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|8827022|gb|BE210752.1|BE210752
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|6667609|gb|AW279060.1|AW279060
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254338527|gb|GR849945.1|GR849945
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|38193229|gb|CF922435.1|CF922435
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|6724850|gb|AW309249.1|AW309249
EST:     ATTTATCA-CCATACATTTCGTGATGGGGCCAGTGCTGCAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGCGACCAAATGGATGGAAGAACCTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: ATTTATCATGCA-ACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254338528|gb|GR849946.1|GR849946
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|214009174|gb|DB989890.1|DB989890
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254321271|gb|GR824588.1|GR824588
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|27425975|gb|CA937495.1|CA937495
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254322198|gb|GR837612.1|GR837612
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254322199|gb|GR837613.1|GR837613
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192319717|gb|FK013759.1|FK013759
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|10255040|gb|BE822806.1|BE822806
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|151410487|gb|EV280302.1|EV280302
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192319718|gb|FK013760.1|FK013760
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|17998750|gb|BI119560.1|BI119560
EST:     AATCTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192333183|gb|FK026512.1|FK026512
EST:     AATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|58014664|gb|CX701406.1|CX701406
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcagtgcacaaaatcgccatgtttcattaacttggatatttttatgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTGGGGAACTTCATTACCATTACTACCCAGTTACCCCAAGCACCGTGGAACA
                          cattaac  putative branch site (score: 2)
                                        tttttat  putative PPT
                           attaacttggatattt  TA-rich tract