Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtattttgtctctagcatccttcttcctaaaacttggctttatgttattccttgttgataaaattgcctgacatatctttatggtccttagACTTTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTTCTTAGGAGGCGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G07390.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G07390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT4G32510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtatggtattttgtctctagcatccttcttcctaaaacttggctttatgttattccttgttgataaaattgcctgacatatctttatggtccttagACTTTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTTCTTAGGAGGCGG
|||||||  | ||    | || | |  ||||   |  |||    |  ||   ||   | |  || ||||       ||| |||  |||||  | ||||  | || || ||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| || || |
gtatggt--tatgatgatggcttgcgacttctgtattctttagctgctgcatttg--tatgaatcaaatactaattcatttctaaatggttgt-agACACTAATCTGTGGCCTACTTGGACTTCCTCCTTCGAATGGGGTCATTCCACAATCCCCTATGCACACAAAGAGTCTTGCAGTTCTTAAGAAGCAG

upper sequence: GLYMA04G07390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv04s0008g04980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatggtattttgtctctagcatccttcttcctaaaacttggctttatgttattccttgttgataaaattgcctgacatatctttatggtccttagACTTTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTTCTTAGGAGGCGG
     |||||||    ||  | || |  ||  | |    ||  | |    |||||  | | |||     ||| |  | |    ||       | ||||| || |||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| | ||||| || | || || |
-----gtatttt----ctgacttcttattttgttatttatgtttctgacatattctatctagattttcatgctt--ctttcacttggctatttcagACTCTGCTTTGTGGGTTGCTTGGATTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTCCCACAATCCCCCATGCACACTAAGAGTCTTGCAGTCCTCAAGAAGCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctttatgttattccttgttgataaaattgcctgacatatctttatggtccttagACTTTGATTTGCGGGATCCTTGGCCTTCCTCCTTCAAATGGAGTCCTTCCACAGTCCCCCATGCATACAAAGAGTTTAGCAGTTCTTAGGAGGCGG
                             gcctgac  putative branch site (score: 3)
                                       tctttat  putative PPT
               ttgttgataaaatt  TA-rich tract