1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgaatggctaagatgcaccttctatttattttatatttttcgttgtttccatgacatgatttcatctgactaaaatttgatgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAATTGGGGGTGCACGGTTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAATGAGGTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G42370.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193636108|gb|FK583025.1|FK583025
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGTTCAAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTCGATGAAGTTGATGCAEST: gi|16277955|gb|BI942651.1|BI942651
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193349576|gb|FK316132.1|FK316132
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|207752335|gb|GD725784.1|GD725784
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGTTCAAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTCGATGAAGTTGATGCAEST: gi|37994041|gb|CF805787.1|CF805787
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193366672|gb|FK331974.1|FK331974
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193563010|gb|FK521823.1|FK521823
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|207737354|gb|GD716938.1|GD716938
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGTTCAAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTCGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193607438|gb|FK558283.1|FK558283
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193354208|gb|FK319808.1|FK319808
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193646525|gb|FK587412.1|FK587412
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTT-GATGAAGTTGATGCAEST: gi|193438321|gb|FK400030.1|FK400030
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|193364162|gb|FK332208.1|FK332208
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGNGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAEST: gi|208325876|gb|GE123310.1|GE123310
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGTTCAAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTCGATGGAGTTGATGCAEST: gi|21601986|gb|BQ612317.1|BQ612317
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
EST: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAG ATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
genomic: TTCAGAAATATGTTGGTGAGGGTGCTCGAATGGTTCGTGAACTATTTCAGgtgaatggct ... tgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCA
tttttcgttgtttccatgacatgatttcatctgactaaaatttgatgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAATTGGGGGTGCACGGTTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAATGAGGTTC
tgtcctct CT-rich tract
taaaatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaatggctaagatgcaccttctatttattttatatttttcgttgtttccatgacatgatttcatctgactaaaatttgatgtcctctagATGGCCCGCTCTAAGAAGGCATGCATTGTGTTTTTTGATGAAGTTGATGCAATTGGGGGTGCACGGTTTGATGATGGTGTTGGTGGTGATAATGAGGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG