Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgtttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G42150.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G42150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgt--ttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgt-ttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT-----
             || |  || | | || |   ||  | |||||  | ||||  |  | || |   | | ||  ||||  |   ||  | |||||  | ||  |||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || ||||| ||| ||||||||     
------------gtata-tatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagcca-ttgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT

upper sequence: GLYMA03G42150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv15s0048g02700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgtttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT-----
             ||    |   |  |        | |  ||||  |||| ||||| ||   |     ||   ||  | | |  || |||    | |    | |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||     
------------gtatgttagcgagcttgcaccattctccttgtcccttgatttatgttccttatcggttaaattttaacctaaggattt----gcacacatcaacagCCAGTGATATATGGTAGGGGGCCAATGCCAGCAGGAATGCATATGGTGCCAATGGTGCTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208309096|gb|GE106738.1|GE106738
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGG-TCCAATGCCAG
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAG
EST: gi|18735608|gb|BM528863.1|BM528863
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGGTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGGCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|193422114|gb|FK387123.1|FK387123
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|18040678|gb|BM308972.1|BM308972
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|213592623|gb|DB979414.1|DB979414
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTTGTTATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|7591030|gb|AW706771.1|AW706771
EST:     CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAG                         CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTATGGCTCTTTAGGGGCTGGATATGGTGTTGCTGCTGGTTATCAACAGgtatttactg ... gtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT
         tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                  tttttatgtatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgtttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgtttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG